يستمر النظام الخليفي في التمييز ضد المواطنين الشيعة ولا سيّما في المنح الدراسية والمناصب في وزارتي الداخلية والجيش، حيث أدى هذا التمييز إلى خلل في القوى العاملة والجيش والهيئات السياسية والمجتمع المدني، وهذا ما ذكره أيضًا تقرير وزارة الخارجية الأمريكية عن الحريات الدينية في البحرين.
ويرى حقوقيون أنّ النظام القمعي يستخدم التمييز الديني كأداة للحفاظ على سلطته ويمارس التبييض في التعايش بين الأديان للتعتيم على انتهاكاته لحقوق الإنسان، لذلك دعت منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطية وحقوق الإنسان في البحرين البابا فرنسيس إلى إعادة النظر في تلك الزيارة، لما قد تحمله من التمييز الديني المتعمد ضد المسلمين الشيعة في البحرين، إذا ما تم لفت النظر لتلك الانتهاكات من قبل البابا.
جدير بالذكر أنّ البابا فرانسيس يتوَّجه الشهر المقبل إلى البحرين لزيارة الجالية الكاثوليكية التي تعيش هناك، هذا البلد ذاته الذي يتم فيه نفي مواطنين إلى الخارج قسريًا بسبب ممارسة حقهم في حرية الرأي والتعبير وحرية الدين والمعتقد، وهم ينتمون إلى الطائفة الغالبة نسبة إلى عدد السكان، ما يعدّ شكلًا واضحًا من أشكال التمييز الديني والانتهاكات
